Desconozco qué sistema te aplicaron a ti, pero yo las dos formas más comunes que conozco, son las comisiones ordinarias en las que te pagan el 100% justificando y las comisiones con consideración de residencia eventual, en las que te pagan el 80% sin justificar, por ejemplo el curso de UIP en Linares o comisiones de un mes, como por ejemplo, cuando subían la UCI y la Primera a San Sebastián. También hay excepciones contempladas en el
Real Decreto 462/2002, de 24 de mayo, sobre indemnizaciones por razón del servicio, que se dan en casos muy raros, como Ícaro, en las que te pagan el 100% sin justificar.
A mi nunca me han quitado IRPF en ninguna de esas modalidades.