Tras ponerme en contacto con HABE para preguntar sobre como obtener el certificado original en papel, en vez de el certificado digital descargable, su respuesta ha sido la siguiente:
"Atendiendo a su solicitud, le indicamos el procedimiento a seguir para la obtención del certificado:
www.habe.euskadi.eus / ACCESO / USUARIO y CONTRASEÑA / CERTIFICADOS (tiene la opción de descargar PDF e imprimir el certificado)
Usuario: nº DNI, sin letra
Si ha olvidado la contraseña, puede activar la opción “recuperar contraseña” (recibirá un e-mail con la contraseña asignada en su día).
El certificado obtenido mediante este sistema es el certificado original, puesto que el localizador que lleva impreso le otorga la oficialidad correspondiente.
Atentamente."
Por lo que no debería haber problemas al presentar el certificado impreso en arkaute el día de las físicas.